Eine Legende besagt, dass ein Pokemon geboren wird, sobald ein Mensch seine Seele verliert. In Miracle City auf den Estwood Inseln eröffnete vor einiger Zeit eine kleine Firma mit dem Namen P.S (Poket.Soul). Sie versuchen dieses Phänomen zu untersuchen, indem sie Seelen in künstlich erstellte Pokemon einsetzen und dieses Pokemon dann genau beobachten. Sobald dieses Pokemon dem Tod nahe ist legen sie es in eine Maschiene um die Seele festzuhalten. Nach einiger Zeit entsteht tatsächlich ein weiteres Pokemon. Der Öffentlichkeit gefällt diese Art von Forschung überhaupt nicht und deshalb ziehen sie heute am 5. Jubiläumstag von P.S durch die Stadt und protestieren. Einer von diesen Leuten ist Luke, ein junger Pokemon-Trainer aus Miracle City. Niemand hasst diese Firma so sehr wie er. Aber die einzige Möglichkeit für ihn diese Firma zu zerstören ist es mit dem Pokemon Liga Champ persönlich zu sprechen. Doch um dort hin zu kommen muss er erstmal eine weite Reise bestreiten. Und so beginnt unser Abenteuer...